Mer de Noms (1999-2001)

После серии репетиций и выступлений на разогреве у других команд, APC начинают записывать студийный альбом "Mer de Noms" (фр. Море имен). Тим Александр вскоре был заменён Джошем Фрисом из The Vandals, однако в песне "The Hollow" все ещё можно услышать игру Тима. После завершения альбома, группа принимает участие в нескольких турах в США и Канаде.


Thirteenth Step / eMOTIVe (2002-2005)

К записи второго альбома A Perfect Circle готовились уже без двух своих музыкантов: Пэз Леншантин и Троя ван Льюена. Пэз присоединилась к группе Zwan, а Трой - к Queens of the Stone Age. Однако Леншантин к тому времени записала почти все партии для бас-гитары для нового альбома. На место покинувших группу музыкантов были приняты Джорди Уайт (Jeordie White) (также известный как Твигги Рамирез), бывший басист Мэрилин Мэнсона, и гитарист Дэнни Лонер (Danny Lohner). Однако, Лонер не подошёл группе как второй гитарист, и на новом альбоме его можно услышать только в песне "The Noose". Место Дэнни Лонера занял Джеймс Иха (James Iha) из The Smashing Pumpkins.

Записав второй альбом "Thirteenth step" 16 сентября 2003 г, группа провела остаток года в турах по Северной Америке, Европе и Японии. В 2004 APC продолжили туры по Австралии, Японии, Новой Зеландии и Европе, завершив тур весной выступлениями в США.

Третий альбом "eMOTIVe" был записан 2 ноября 2004 г и содержит каверы на антивоенные песни таких музыкантов, как Джон Леннон и Джони Митчелл.

16 ноября 2004 г, выпустила DVD-и-CD-сэт названный "aMOTION". На нём представлены ранее не издававшиеся видеоклипы а также b-sides и ремиксы. Режиссёром клипа к песне Judith (2000) был Дэвид Финчер.


Перерыв (с 2006 по сей день)

Сейчас будущее A Perfect Circle остаётся неясным. В интервью французскому журналу "Rock Hard" Кинэн сказал, что считает APC завершённым проектом и в обозримом будущем изменений не предвидится. Билли Хаурдел подтвердил его слова и сказал, что не планирует записи нового альбома или концертных туров.

На официальном сайте A Perfect Circle можно увидеть запись датированную 19-м сентября 2006 г: "Спящий должен пробудиться! Привет! Извините, некоторое время от нас не было вестей. Были заняты. Билли погружён в работу над сольным проектом, а я гастролирую с TOOL, работаю над сайтом www.puscifer.com и ещё ко всему прочему делаю вино. Не могу сказать когда Билли закончит записывать новый материал, но я слышал многообещающие прогнозы. Я забыл опубликовать тексты песен с "13th step" и "eMOTIVe", я этим скоро займусь. Так что заходите почаще. Пока!"

1. The Hollow
2. Magdalena
3. Rose
4. Judith
5. Orestes
6. 3 Libras
7. Sleeping Beauty
8. Thomas
9. Renholdër
10. Thinking Of You
11. Breña
12. Over

1. The Package
2. Weak And Powerless
3. The Noose
4. Blue
5. Vanishing
6. A Stranger
7. The Outsider
8. Crimes
9. The Nurse Who Loved Me
10. Pet
11. Lullaby
12. Gravity

1. Annihilation
2. Imagine
3. Peace Love and Understanding
4. What's Going On
5. Passive
6. Gimme Gimme Gimme
7. People Are People
8. Freedom of Choice
9. Let's Have A War
10. Counting Bodies Like Sheep To The Rhythm Of The War Drums
11. When The Levee Breaks
12. Fiddle And The Drum

1. Judith (Renholder Mix) - (Danny Lohner)
2. 3 Libras (Feel My Ice Dub Renholder Mix) - (Danny Lohner)
3. Outsider (Apocalypse Renholder Mix) - (Danny Lohner)
4. Weak And Powerless (Tilling My Grave Renholder Mix) - (Danny Lohner)
5. Outsider (Frosted Yogurt Mix) - (James Iha)
6. Blue (Bird Shake Mix) - (James Iha)
7. 3 Libras (All Main Courses Mix) - (Massive Attack)
8. Hollow (Constantly Consuming Mix) - (Paz Lenchantin)
9. Hollow (The Bunk Remix) - (Troy Van Leeuwen/Josh Abrahams)